Utiliser le service iRODS

Prérequis et accès au service

Le service iRODS est proposé par France-Grilles aux membres de la vo.france-grilles.fr. L'accès au service est nominatif et il est disponible à la demande. Une fois l'accès au service validé par France-Gilles, vous pourrez accéder au service avec votre certificat ou avec un mot de passe.

Pour accéder au service, il vous sera demandé de signer les condistions d'accès à ce service : http://www.france-grilles.fr/IMG/pdf/iRODS_Service_Policy.pdf

Comprendre l'infrastructure du service

iRODS est un logiciel qui permet de construire une grille de données. Un service iRODS est constitué de deux éléments "visibles" pour l'utilisateur :
  1. un serveur (base de données) qui enregistre le statut de chaque fichier enregistré dans iRODS
  2. une ou plusieurs ressources physiques qui peuvent être géographiquement distantes les unes des autres

Il existe de nombreux services iRODS de part le monde. Ce qui rend unique chacun d'entre eux est la "zone" qui définit chacun.

Le service iRODS de France-Grilles est définit par la zone FranceGrillesZone, qui est constituée par :
  1. une base de données "ccirodsfg.in2p3.fr"
  2. plusieurs ressources physiques, dont :
    • dc-pole1
    • dc-pole2
    • dc-pole3
    • dc-pole4
    • dc-pole5
    • iphc
    • lpsc
    • mcia
Un utilisateur du service iRODS de France-Grilles devra ainsi déclarer à son client (nous verrons comment dans la suite) :
  • la zone dans laquelle il travaille, ici : FranceGrillesZone
  • la base de données du service, ici : ccirodsfg.in2p3.fr
  • une ressource physique par défaut pour stocker ses données, telle que iphc ou mcia

Un article sur le site d'iRODS liste les clients et les interfaces (non exhaustif) : http://irods.org/2015/12/update-irods-client-interfaces/

Navigateur graphique

Le contenu de cette documentation est en cours de mise à jour.

Application Brocoli

L'application graphique Brocoli permet l'accès à une instance iRODS de manière simple et presque intuitive.

Elle est réputée fonctionner sur Linux, MacOS et Windows. Sous Linux par exemple, l'installation est aussi simple que:

pip install brocoli [--user]

Configurer Brocoli pour se connecter à l'instance iRODS France Grilles revient à créer une nouvelle connexion comme suit:

Lignes de commandes

iRODS propose des clients en ligne de commandes. Les OSs activement supportés sont Linux et MacOS. Pour Windows, l'installation d'une machine virtuelle (en Scientific Linux par exemple) est conseillée.

Pour démarrer une session iRODS, il faut tout d'abord, installer les clients iRODS et mettre en place son environnement de travail, étapes 1, 2 et 3 suivantes. Ces étapes n'ont pas besoin d'être répétées, sauf si vous changez de machine. L'étape 4 est par contre à répéter à chaque fois que vous voulez démarrer une session iRODS.

  1. Installation d'un client iRODS en ligne de commande
  2. Mise en place de son environnement de travail iRODS (tout OS)
  3. Mise en place de votre certificat (tout OS)
  4. Commencer une session iRODS ...... à répéter à chaque fois qu'on veut utiliser iRODS
  5. Utilisation des lignes de commandes iRODS

Accès à iRODS sur la grille de calcul

Les clients iRODS sont distribués par CVMFS aux sites France Grilles.

Dans l'input sandbox du job, vous devez mettre votre fichier irods_environment.json. Vous devrez faire attention à ce qu'il contienne la ligne suivante :

"irods_authentication_scheme": "gsi" 

Où trouver de l'aide

Forum d'entre-aide des utilisateurs : https://forge.in2p3.fr/projects/france-grilles-documentation/boards

Liste email des utilisateurs du service : irods-user-l-AT-FRANCE-GRILLES.FR

Pour contacter les administrateurs (incidents, demandes ou conseils) : irods-support-l-AT-FRANCE-GRILLES.FR

Pour aller plus loin

Documentation officielle iRODS: Autre présentations (2012):

Formations pour les utilisateurs

Les formations "iRODS" sont annonçées sur le site de France Grilles, section "Formation": http://www.france-grilles.fr/-Formation-

  1. Formation des utilisateurs - 9 mars 2016
  2. Formation des utilisateurs - 30 janvier 2015
  3. Formation des utilisateurs - 13 février 2014

brocoli-config-fg-irods.png (65.5 KB) Gay Pierre, 04/03/2019 12:04 PM