Lignes de commandes iRODS¶
La liste et la descritopn de toutes les lignes de commandes de iRODS sont disponibles sur le site officiel de iRODS
- ou bien il suffit d'exécuter <icommand> -h pour avoir son usage.
Les commandes usuelles :¶
- de type Unix
ipasswd #chngement de votre mot-de-passe ienv #envirronnement courant ils [-l] [-L] [-A] #liste le contenu du répertoire courant imkdir #crée un répertoire icd #irods peut utiliser des chemins relatifs ipwd #donne le répertoire courant imv icp irm [-a] ichmod #modifie les ACLs ichksum irsync #synchronisation de répertoires (i:<repertoire> identifie un répertoire iRODS)
- de type ftp
iinit #démarrage d'une session (création d'un password file utilisée par les icommandes suivantes) iexit #fin de cette session iput #iput <localFile> <destinationFile>, sans 2eme argument, le fichier est copié dans le répertoire courant iRODS iget [-f] #
- Les metadonnées
imeta #manipulation des metadonnees; sans argument, il ouvre une session propre (taper 'q' pour la quitter) #ajout : imeta add -d <MyFile> longeur 90 mm #interrogation: imeta ls -d <MyFile> # imeta qu -d couleur = rouge iquest #interrogation du iCAT (metadonnées internes)
- Les commandes informatives
ienv ilsresc #liste des ressouces physiques iuserinfo #donne des informations sur l'utilisateur imiscsvrinfo #donne des informations sur le systeme
- Autres commandes utiles
irmtrash #vide le 'trash' (si la commande 'irm' a été utilsée, les fichiers ont été stockés dans le trash) irepl # pour faire de la réplication
Exemple d'une session complète¶
Vérification de l'environnement¶
myusername@localhost:~$ ienv irods_version - 4.2.4 irods_encryption_num_hash_rounds - 16 irods_encryption_key_size - 32 irods_encryption_algorithm - AES-256-CBC irods_match_hash_policy - compatible irods_ssl_verify_server - cert irods_session_environment_file - /home/myusername/.irods/irods_environment.json.13097 irods_default_resource - mcia irods_environment_file - /home/myusername/.irods/irods_environment.json irods_default_hash_scheme - SHA256 irods_encryption_salt_size - 8 irods_maximum_size_for_single_buffer_in_megabytes - 32 irods_client_server_negotiation - request_server_negotiation irods_user_name - myusername irods_host - sbgirodsfg.in2p3.fr irods_client_server_policy - CS_NEG_REQUIRE irods_zone_name - FranceGrillesZone irods_port - 5555 irods_default_number_of_transfer_threads - 4
Liste des fichiers et changement des droits¶
myusername@localhost:~$ ils
/FranceGrillesZone/home/myusername:
list1
list2
C- /FranceGrillesZone/home/myusername/DIRTEST1
myusername@localhost:~$ ils -L
/FranceGrillesZone/home/myusername:
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:08 & list1
generic /vault1/resc/home/myusername/list1
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:10 & list2
generic /vault1/resc/home/myusername/list2
C- /FranceGrillesZone/home/myusername/DIRTEST1
myusername@localhost:~$ ils -l
/FranceGrillesZone/home/myusername:
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:08 & list1
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:10 & list2
C- /FranceGrillesZone/home/myusername/DIRTEST1
myusername@localhost:~$ ils -A list1
/FranceGrillesZone/home/myusername/list1
ACL - myusername#FranceGrillesZone:own
myusername@localhost:~$ ichmod read otheruser list1
myusername@localhost:~$ ils -A list1
/FranceGrillesZone/home/myusername/list1
ACL - otheruser#FranceGrillesZone:read object myusername#FranceGrillesZone:own
Copie et checksum¶
myusername@localhost:~$ for i in {1..100} ; do echo $i test >> parameter.txt ; done
myusername@localhost:~$ iput -K parameter.txt
myusername@localhost:~$ ils -L
/FranceGrillesZone/home/myusername:
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:08 & list1
generic /vault1/resc/home/myusername/list1
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:10 & list2
generic /vault1/resc/home/myusername/list2
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 792 2019-01-30.15:18 & parameter.txt
sha2:0Jkv03xUpynPdXrOiXHg3GkjkiCkGCLtGhU/yhDgdMQ= generic /vault1/resc/home/myusername/parameter.txt
C- /FranceGrillesZone/home/myusername/DIRTEST1
myusername@localhost:~$ rm parameter.txt # ordinateur local
myusername@localhost:~$ ls parameter.txt # ordinateur local
ls: parameter.txt: No such file or directory
myusername@localhost:~$ iget parameter.txt
myusername@localhost:~$ ls parameter.txt # ordinateur local
parameter.txt
Réplication¶
myusername@localhost:~$ irepl -R iphc parameter.txt
myusername@localhost:~$ ils -L
/FranceGrillesZone/home/myusername:
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:08 & list1
generic /vault1/resc/home/myusername/list1
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 0 2019-01-30.15:10 & list2
generic /vault1/resc/home/myusername/list2
myusername 0 mcia;mcia-fgirods1 792 2019-01-30.15:18 & parameter.txt
sha2:0Jkv03xUpynPdXrOiXHg3GkjkiCkGCLtGhU/yhDgdMQ= generic /vault1/resc/home/myusername/parameter.txt
myusername 1 iphc;iphc-random;iphc-storage_04 792 2019-01-30.15:22 & parameter.txt
sha2:0Jkv03xUpynPdXrOiXHg3GkjkiCkGCLtGhU/yhDgdMQ= generic /storage/irods_04/home/myusername/parameter.txt
C- /FranceGrillesZone/home/myusername/DIRTEST1
iquest¶
myusername@localhost:~$ iquest "SELECT DATA_NAME, DATA_CHECKSUM WHERE DATA_RESC_NAME like 'iphc%'" ------------------------------------------------------------ DATA_NAME = parameter.txt DATA_CHECKSUM = sha2:0Jkv03xUpynPdXrOiXHg3GkjkiCkGCLtGhU/yhDgdMQ= ------------------------------------------------------------ myusername@localhost:~$ iquest "SELECT sum(DATA_SIZE) WHERE USER_NAME like 'myusername'" DATA_SIZE = 1584 ------------------------------------------------------------
Méta-données¶
myusername@localhost:~$ imeta add -d parameter.txt "run" "16778" "2011" myusername@localhost:~$ imeta ls -d parameter.txt AVUs defined for dataObj parameter.txt: attribute: run value: 16778 units: 2011 myusername@localhost:~$ imeta rm -d parameter.txt "run" "16778" "2011" myusername@localhost:~$ imeta ls -d parameter.txt AVUs defined for dataObj parameter.txt: None