Formation des utilisateurs - 9 mars 2016¶

Toutes les présentations sont disponibles sur l'agenda de la formation (couplée avec DIRAC): https://indico.in2p3.fr/event/12719/

Les paramètres de connexion à la zone utilisée pour la formation et les exercices sont présentés ci-dessous (les solutions des exercices sont données en bas de page).

Environnement pour la formation¶

Cette formation s'effectue sur la zone FRGRID. Voici les paramètres environnement qui lui sont associés :

Fichier ~/.irods/.irodsEnv :

irodsHost 'ccirods.in2p3.fr'
irodsPort 5555
irodsDefResource 'defaultResc'
irodsHome '/FRGRID/home/userlogin'
irodsUserName 'userlogin'
irodsZone 'FRGRID'
irodsAuthScheme=GSI

Lignes de commandes - s'exercer¶

Note : les solutions à ces questions sont données plus bas dans cette page.

1. vérifier votre environnement dans iRODS
2. créer une arborescence dans iRODS
3. stocker un fichier dans iRODS en calculant et stockant la checksum
4. récupérer un fichier depuis iRODS en vérifiant la checksum
5. donner l'accès récursif "read" à un directory
6. répliquer un fichier sur une autre ressource et vérifier le résultat
7. calculer le volume de données que vous avez dans iRODS (utiliser la commande iquest et iquest attrs pour connaitre les champs interrogeables)
8. ajouter la métadonnée "couleur" (avec une valeur) à un de vos fichiers
9. lister la nouvelle métadonnée
10. trouver tous les fichiers avec cette même valeur de cette même métadonnée

Sur la grille - s'exercer¶

1. faire un script qui copie en entrée un fichier depuis votre espace iRODS (vous devez uploader ce fichier au préalable dans iRODS), le manipuler (avec un grep par exemple) et copier la sortie sur votre espace iRODS. Vérifier avec iDROP que le fichier de sortie a bien été copié dans votre espace iRODS.

Rappel : pour la formation, voici comment déclarer votre environnement iRODS dans le script :

#! /bin/bash

#JDL JobName = "test-irods" 

source $VO_VO_FRANCE_GRILLES_FR_SW_DIR/irods33/bashrc

export irodsHost=ccirods.in2p3.fr
export irodsPort=5555
export irodsHome=/FRGRID/home/userlogin
export irodsUserName=userlogin
export irodsZone=FRGRID
export irodsAuthScheme=GSI

ils -L
[...]

Solutions¶

Lignes de commande :

1. ienv
2. imkdir
3. iput -K
4. iget -K
5. ichown -r
6. irepl, ils -L
7. iquest "SELECT sum(DATA_SIZE) WHERE USER_NAME like 'mylogin'"
8. imeta add -d file1 "couleur" "bleu"
9. imeta ls -d file1
10. imeta qu -d couleur = bleu

Job avec DIRAC :
Exemple de script corrigé : dirac-irods.sh